可以说，任何的一种肥料都有可能对作物的根系产生不良的影响，这主要是视施入的数量的多少。过多的肥料集中在作物的根部，令作物接触肥料的根区产物缺水，这样便会造成对作物根系的不良影响了。
尿素施入土壤后避免烧根现象的发生，土壤应有足够的含水量(一般应在70%-80%左右)，否则会影响尿素的水解速度，影响肥效的发挥。因此，如果土壤较为土旱，施入尿素后应对土壤适当灌水，以利肥效的发挥。由于尿素中氮素较易释放挥发，因此使用尿素宜开沟施入后覆土。此外，由于尿素只含有氮素(含纯氮一般为46%)，可适当与过磷酸钙、氯化钾或硫酸钾，或腐熟禽畜粪肥混合进行施用。
针对尿素干施会烧根的问题，因其含有的氮元素会使植物失水死亡，还可以施用时最好结合浇水进行，且需要在离根部两到三寸远的地方施肥;如果一定要干施的话，最好选择在下午施肥，这样经过夜间露水的超时，尿素就会溶解，被土壤吸收。
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